Integrated Genome Browser
| Versiune |
9 |
| Platformăs | |
| Licență | Open Source |
| Categorie | Scientific |
| Mai multe informatii
(vizitați site-ul editorului)
|
Revizuirea software-ului
Funcții principale
- Suportă diferite formate genomice, cum ar fi GenBank și FASTA
- Interacționează cu datele cu animații zoom și panoramare
- Accesați și încărcați genomurile de pe site-urile QuickLoad
- Transformați datele în diferite forme de grafice
- Partajați datele cu colaboratorii prin Dropbox
- Instalați pluginuri pentru funcționalități suplimentare
Genome Browser integrat (IGB) este un program open source utilizat pentru a vizualiza și explora seturi de date genomice mari. Puteți să vizualizați diferite formate de date, să interacționați cu datele dvs., să creați grafice, să salvați informațiile ca imagini și să vă partajați date cu colaboratorii.
IGB vă permite să vizualizați date din adnotări și secvențe aliniate. Programul acceptă o varietate de formate, cum ar fi FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband și GenBank. Puteți lua datele și transforma-o într-o varietate de forme de grafuri, inclusiv grafice de nepotrivire pentru evidențierea diferențelor de date și grafice de adâncime pentru a afișa acoperirea. De asemenea, puteți interacționa cu datele dvs. prin animațiile de zoom și panning ale IGB.
IGB vă permite să accesați și să încărcați genomuri de pe site-urile QuickLoad, care sunt simple sisteme de directoare, secvențe și alte fișiere de date în scopul vizualizării. IGB furnizează funcționalitate avansată, cu ajutorul pluginului, pentru a adăuga funcționalitatea și automatizarea fluxului de lucru prin utilizarea de scripturi. IGB oferă, de asemenea, funcții avansate pentru partajarea datelor dvs., indiferent dacă este vorba de publicarea unei imagini de înaltă calitate JPEG, PNG sau SVG sau de stocarea datelor în Dropbox pentru a oferi colaboratorilor accesul la proiectul dvs.
IGB este utilizate în principal de cercetători universitari, biologi și bioinformaticieni. Acesta oferă instrumente avansate pentru a deschide o varietate de formate de date genomice, pentru a vizualiza date ca grafice diferite și pentru a partaja date cu colaboratorii. Din nefericire, programul se bazeaza pe subventii pentru dezvoltarea continua, ceea ce inseamna ca sprijinul pentru aplicatie ar putea inceta in orice moment. Cu toate acestea, Integrated Genome Browser este încă un program capabil, personalizabil pentru utilizatorii care doresc să exploreze și să analizeze datele genomului lor.
Actualizat: 29 iunie 2016
▶ Alte extensii de fișiere utilizate Integrated Genome Browser 9
| Tipuri de fișiere acceptate | |
|---|---|
| .BED | UCSC BED Annotation Track File |
| .DAS | DeltaMaster Analysis Session |
| .GB | GenBank Data File |
| .FAS | FASTA Sequence File |
| .FASTA | FASTA Sequence File |
| .FA | FASTA Formatted Sequence File |
| .USEQ | USeq Genome Data File |
| .SGR | SGR Genome Data File |
| Formate suplimentare de fișiere asociate |
|---|